Originaire d'Amérique du Sud, le cobaye domestique, baptisé cochon d'Inde en France, descend probablement du cobaye sauvage qui vit sur les hauts plateaux herbeux de la Cordillère des Andes. Son nom latin est "Cavia aperea porcellus". Le nom français du cochon d'Inde s'explique en partie par l'origine supposée du nom anglais guinea pig, qui découlerait du mot "guiana". Ce terme serait lui-même issu d'un mot portugais désignant toute terre inconnue. Lors de la découverte de la Guyane par Christophe Colomb, en 1498, l'explorateur pensait avoir accosté aux Indes; voila comment le cobaye aurait été baptisé cochon d'Inde en France et "porcellino da India", en Italie.
Le fait d'avoir été amené sur le continent européen par des marins expliquerait pourquoi, dans divers pays d'Europe, il est nommé cochon de mer("Morskaya svinka "en Russie) Selon des experts, l'origine du nom "guinea pig" proviendrait d'ailleurs plutôt de la guinée, pièce de monnaie qui servait peut-être à acheter un morceau de viande de cobaye. Quand à l'appellation de cochon, c'est la ressemblance de leur anatomie qui lui a valu ce nom.
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